Open Doors meldt dat zij op 4 mei zijn beschuldigd van diverse misdrijven, waarvan twee de doodstraf of levenslange gevangenisstraf tot gevolg kunnen hebben: ondermijnen van het grondwettelijke systeem en het bestrijden van de staat.
Michael werd naar verluidt in hechtenis genomen op 21 december, na prediking in een dienst op zondagochtend van een gemeente van de Presbyteriaanse Evangelische Kerk van Sudan. Na de dienst namen, zich als ambtenaren van de nationale veiligheidsdienst identificerende mannen, hem mee voor verhoor. De volgende dag werden veiligheidstroepen gezien die uit zijn tijdelijke woning kleding en persoonlijke bezittingen meenamen. Aan zijn vrouw werd verteld dat hij werd vastgehouden wegens een voortgaand onderzoek, zonder daarover meer details bekend te maken. De pastor en zijn vrouw waren naar Khartoum gekomen voor medische hulp voor hun kind. Hem was gevraagd gedurende dat bezoek ook in de plaatselijke kerk te preken. Maar de gemeente waar hij dat deed heeft veel vervolging door de overheid te verduren. Het grootste deel van het kerkgebouw is in december verwoest.
Yen werd opgepakt op 11 januari, nadat hij een brief had gebracht bij het bureau voor Religieuze Zaken, waarin vragen over de arrestatie van zijn collega Michael weren gesteld. Beiden behoren tot de Zuid Soedanese Presbyteriaanse Evangelische Kerk. Hun advocaat zegt dat de beschuldigingen tegen hen kunnen worden geseponeerd, maar christenen zijn bang dat de betrokkenheid van de veiligheidsdienst tot een andere uitkomst kan leiden.
De uit het land uit gevluchte en nu in de VS wonende advocaat Nahmia Shaloka denkt dat de dienst wil proberen preek van Michael in verband te brengen met de beschuldigingen tegen hem. Volgens Amnesty International staat de dienst in feite boven de wet.
Hoewel het land een grote christelijke gemeenschap heeft, is de bevolking overwegend islamitisch. De minister van religie heeft gezegd dat er geen vergunningen voor de bouw van nieuwe kerken meer worden afgegeven.