Hij en zijn vrouw Norine werden op 9 oktober gearresteerd in opdracht van het ministerie van Binnenlandse Zaken. Dat gebeurde kennelijk in het kader van de brede actie van de Turkse regering na de mislukte couppoging, waarbij tienduizenden rechters, onderwijzers, journalisten en anderen zijn gevangen gezet en/of ontslagen. Brunson is volgens Open Doors naar een centrum voor terrorisme bestrijding en op 9 december naar de rechtbank in Izmir gebracht voor ondervraging.
Zijn vrouw heeft gevraagd te bidden voor Gods aanwezigheid, vrede en bemoediging. Volgens haar is er sprake van valse beschuldigingen. Norine zelf werd in oktober weer vrij gelaten en kreeg opdracht het land te verlaten. Pas vrijdag mocht zijn advocaat Andrew zien, tijdens de zitting. Volgens hem wordt hij ervan verdacht banden te onderhouden met de Fetullah Gulen beweging, die volgens de Turkse regering achter de coup zat.
Brunson en zijn vrouw hebben drie kinderen die in de VS studeren. Het paar woont al 23 jaar in Turkije. Kerkleiders zijn bezorgd over de situatie waarin de christelijke minderheid in het land terecht is gekomen.