“Ik ben nu lid van een Orthodoxe kerk, maar met mijn geloof is niets verandert”, zei hij in zijn radioprogramma. Hanegraaff bezoekt die kerk al meer dan twee jaar, naar zijn zeggen eigenlijk als gevolg van een gebeurtenis in China. Volgens hem is de Oosterse Orthodoxie een van de drie belangrijke leerstellige hoofstromen van de christenheid, gekarakteriseerd door de voortzetting van de apostolische kerk, haar liturgie en territoriale kerken. De meeste leden ervan zijn te vinden in de Balkan, het Midden Oosten en voor de voormalige Sovjet Unie. Sommige luisteraars beschuldigden Hanegraaff van ketterij, maar zelf zegt hij dat de overgang juist een verdere verdieping van zijn geloof is. “Op het moment wordt juist de Oosters Orthodoxe Kerk beïnvloed door onze bediening en ik ben beïnvloed door de Oosters Orthodoxe mensen, die een heel scherp zicht op de kerkgeschiedenis hebben en absoluut trouw zijn aan de beginselen van de historische christelijke geloof”, zegt hij.
Hanegraaff is bekend wegens zijn kritiek op niet christelijke religies en verzette zich ook tegen uiterst charismatische predikers en de zogenoemde Toronto Blessing. Hij is weliswaar evangelical, maar staat kritisch tegenover allerlei volgens hem niet of nauwelijks op de Bijbel gebaseerde praktijken in evangelische en vooral charismatische kringen.
